O agente K é um dos fundadores da organização secreta MIB. O ex-policial J se une a K para desvendar os mistérios de um possível ataque alienígena.
O agente J viaja pelo tempo de volta aos anos 60 para evitar o assassinato de seu amigo, o agente K, que mudaria o curso da história. Durante essa missão, J conhecerá muitos segredos, incluindo alguns que atormentaram K.
Dentro do seu livro, o aventureiro Harold consegue dar vida a qualquer coisa ao desenhá-la. Depois de crescer e se desenhar fora das páginas do livro e dentro do mundo real, Harold descobre que tem muito o que aprender.